唐朝貞觀二年(628年),軒轅宮始建。
元朝末年,軒轅宮因戰(zhàn)亂被毀。
明朝初年(約1369年),重建軒轅宮。
明朝弘治及嘉靖十九年(1540年),軒轅宮進(jìn)行修葺。
清順治十九年(1662年),軒轅宮重新修繕。
民國二十九年(1940年),為紀(jì)念華夏始祖黃帝,改名軒轅宮。
1957年,軒轅宮維修翼角、屋面、部分梁、枋、椽子及檐口鋪?zhàn)鞯葮?gòu)件。
1993年大修,軒轅宮整修西南、西北戧角及部分檐口鋪?zhàn)骱湍净鶎?,東南、東北兩金柱及部分乳袱進(jìn)行化學(xué)修補(bǔ)。
2010年,軒轅宮進(jìn)行梁架糾偏及部分外檐鋪?zhàn)鳂?gòu)件替換。
軒轅宮正殿為單檐歇山式,進(jìn)深八架,自地面至正脊高約10米,系澈上明造。山花版比博風(fēng)版收進(jìn)頗深,山花版內(nèi)側(cè)的草架柱等,在檐椽上施塌腳木,以承草架柱子;殿頂出槽甚深,臺基明高64厘米,四周立柱,并砌磚墻。前后中間開門,兩旁改窗。殿前月臺寬17.30米,進(jìn)深9.20米。北面設(shè)有踏步,正面有青石欄桿。南面與上山游覽通道相連,正門前設(shè)有臺階四級,兩側(cè)有副子,臺基寬17.30米,進(jìn)深15.07米。正殿面闊三間,共寬13.74米。進(jìn)深三間,共11.48米;正面明間寬5.54米,南北次間各4.10米。進(jìn)深自西向東,第一間為2.94米,第二間為5.60米,第三間為2.94米。進(jìn)深與面闊比例為1:1.2,近似正方形。
軒轅宮正殿雄踞山垣,坐東朝西,面太湖而立,氣勢磅礴。殿作單檐歇山式,屋面及各類屋脊富有曲線之美,均系南方做法。
軒轅宮正殿北側(cè)城隍廟內(nèi),陳列石刻文徵明的《東西兩山圖》和王鏊的《洞庭兩山賦》。以及一座古石刻陰亭?,F(xiàn)僅存氣勢雄偉的軒轅宮正殿和城隍廟。正殿曾作較大規(guī)模修繕,殿中安放花崗石軒轅黃帝像。殿前城隍廟今改為碑刻陳列室,存有明清時(shí)代珍貴石刻,陳列室中的陰亭制成于明正德年間,80年代在東山陸巷出土,系一仿木結(jié)構(gòu)石筑,高3.58米,直徑2.5米,六角形。六角形的每一面都有石刻,中間為藏尸骨之所。陰亭第一面刻有“葉時(shí)敬妻周氏之墓”,它是明代一種特殊的墓葬形式,彌足珍貴。
軒轅宮正殿始建于元末,歷經(jīng)明、清重建、重修與修繕,其形制既保留了元代特征,又反映出明清不同時(shí)期的變化,上承宋元,下接明清,對于研究蘇州地區(qū)大木構(gòu)架的演變、南方建筑與北宋《營造法式》的關(guān)系以及蘇州香山幫匠作的源流都具有重要的意義。
1956年10月18日,軒轅宮正殿被公布為江蘇省文物保護(hù)單位。
2006年5月25日,軒轅宮正殿被中華人民共和國國務(wù)院公布為第六批全國重點(diǎn)文物保護(hù)單位。
2016年,國家文物局在關(guān)于軒轅宮正殿保護(hù)規(guī)劃的意見中批復(fù):建議軒轅宮正殿保護(hù)規(guī)劃結(jié)合文物的分布范圍、地形地貌特征和文物保護(hù)管理需要,科學(xué)確定保護(hù)區(qū)劃。建議調(diào)整建設(shè)控制地帶范圍和邊界,合理進(jìn)行建設(shè)控制地帶分類,建議將東側(cè)、南側(cè)山體區(qū)域設(shè)為禁建區(qū),西北側(cè)村莊居住用地設(shè)為限建區(qū)。
《江南通志》有“靈順宮”條:在東洞庭之楊灣,祀?yún)窍辔樽玉?,鋤自唐貞觀二年,宋高宗南渡時(shí)扈陛官軍分道經(jīng)湖,風(fēng)濤不可航,禱神立應(yīng),為遭官齋金葺治,封員為忠武英烈顯圣安福王,里人楊嗣興捐地若干畝,益恢其故。